條例規定，縣級以上人民政府及其水行政主管部門應當對城鎮公共供水管網覆蓋范圍內的自備井予以關停；利用地表水灌溉有保障的區域和退耕還林還濕區域，對農業灌溉井實施封填；農業休耕區域，對農業灌溉井實施封存；深層地下水漏斗區，對取用深層地下水的農業灌溉井依照計劃予以關停。南京純水設備

除關停自備井外，條例還規定開采地下水應當分層取水、高效利用，禁止越層混合開采。地下水開發利用應當以淺層地下水為主。深層地下水作為飲用水源、戰略貯藏或者應急水源，應當嚴格限制開采。

條例還增加了省政府水行政主管部門對高耗水產業、取水許可總量已達控制指標增加取水量等情形，不予批準取用地下水的規定。增加的情形包括：地下水禁止開采區取用地下水的取水許可總量已經達到取用水總量控制指標的地區增加取水量的取水可能對水功能區水域使用功能或者對社會公共利益發生重大損害的水資源緊缺、生態脆弱等地區開荒墾殖擴大種植面積的南京純水設備

違反本條例規定，越層混合開采地下水的由縣級以上人民政府水行政主管部門責令停止違法行為，限期采取彌補措施，并處以5萬元以上10萬元以下罰款。

違反本條例規定，將不符合農用規范和環境維護規范的固體廢物、廢水施入農田或者排入溝渠的由縣級以上人民政府環境維護主管部門責令停止違法行為，限期采取彌補措施，并處5萬元以上10萬元以下罰款。

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